มาตรา ๕๔ ให้จัดตั้งกองทุนขึ้นกองทุนหนึ่งเรียกว่า “กองทุนคุ้มครองพันธุ์พืช” ในกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อเป็นทุนใช้จ่ายในการช่วยเหลือและอุดหนุนกิจการที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์ การวิจัย และการพัฒนาพันธุ์พืช ประกอบด้วยเงินและทรัพย์สินดังต่อไปนี้
(๑) เงินรายได้จากข้อตกลงแบ่งปันผลประโยชน์ตามมาตรา ๕๒
(๒) เงินหรือทรัพย์สินที่ได้รับจากการจดทะเบียนคุ้มครองพันธุ์พืช
(๓) เงินอุดหนุนจากรัฐบาล
(๔) เงินหรือทรัพย์สินที่มีผู้อุทิศให้
(๕) ดอกผลและผลประโยชน์อื่นใดที่เกิดจากกองทุน
เงินและทรัพย์สินอื่นตามวรรคหนึ่ง ให้ส่งเข้ากองทุนโดยไม่ต้องนำส่งคลังเป็นรายได้แผ่นดิน